Geschichte
Im somalischen Bürgerkrieg war Baidoa zwischen verschiedenen Clanführern und Kriegsherren umkämpft. Während der Hungersnot 1991–1993 sollen in der Region um Baidoa etwa eine halbe Million Menschen verhungert sein; Baidoa wurde zu dieser Zeit „Stadt des Todes“ genannt.
1995 entmachtete der Kriegsherr Mohammed Farah Aidid die Rahanweyn-Lokalverwaltung der Stadt. 1999 eroberte die Rahanweyn Resistance Army (RRA) Baidoa von Aidids Sohn und Nachfolger Hussein Mohammed Farah zurück. 2001 verbündeten sich Hussein Mohammed Farah, die RRA und andere gegen die neu gegründete somalische Übergangsregierung und errichteten in Baidoa ihre Gegenregierung SRRC. 2003 schloss sich die SRRC der Übergangsregierung an.
Von 2005 bis Ende Dezember 2006 machte die Übergangsregierung unter Staatspräsident Abdullahi Yusuf Ahmed Baidoa (zusammen mit Jawhar) zu ihrem provisorischen Regierungssitz, da sich die Landeshauptstadt Mogadischu seit 1991 unter der Kontrolle rivalisierender Clans und Kriegsherren befand und im Verlauf des Jahres 2006 von der Union islamischer Gerichte kontrolliert wurde. Die Macht der Übergangsregierung reichte bis Ende Dezember 2006 kaum über Baidoa hinaus.
In der Umgebung kam es Ende 2006 zu schweren Kämpfen, bei denen die Union islamischer Gerichte durch die Übergangsregierung und äthiopische Streitkräfte zurückgedrängt wurde.
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