Geschichte
Die erste urkundliche Erwähnung erfolgte im Jahr 1107, damals trat Adelbero de Wiscilinchoven als Zeuge bei einem Grundstücksgeschäft des Klosters Allerheiligen in Schaffhausen auf. Am 27. Dezember 1113 schenkten die Edlen von Waldhausen dem Kloster St. Blasien umfangreichen Grundbesitz in der Region; das Benediktinerkloster richtete danach eine Propstei ein, um den neu erworbenen, aber ziemlich weit entfernt liegenden Besitz zu verwalten. Die Propstei entwickelte sich zum kulturellen und wirtschaftlichen Zentrum und prägte während Jahrhunderten die Dorfgemeinschaft.
Schirmherren des Klosters und Inhaber der hohen Gerichtsbarkeit über das Dorf waren zunächst die Grafen von Kyburg, nach deren Aussterben im Jahr 1264 die Habsburger. Die Eidgenossen eroberten 1415 den Aargau und Wislikofen gehörte fortan zum Amt Ehrendingen der Grafschaft Baden, einer Gemeinen Herrschaft.
Im März 1798 marschierten die Franzosen in die Schweiz ein und riefen die Helvetische Republik aus. Wislikofen wurde eine Gemeinde im kurzlebigen Kanton Baden; seit 1803 gehört sie zum Kanton Aargau. Die kleine Nachbargemeinde Mellstorf wurde am 1. Januar 1899 eingemeindet. Bis weit ins 20. Jahrhundert hinein blieb die Gemeinde landwirtschaftlich geprägt.
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