Geographie
Die Gemeinde liegt inmitten des Tafeljuras in einem schmalen und lang gezogenen, auf alle Seiten hin abgeschlossenen Talkessel. Dieser wird in Ost-West-Richtung vom Chrüzlibach durchflossen, der bei Rekingen in den Rhein mündet. Unmittelbar westlich des Dorfes beginnt eine Schlucht, die auf dem Gemeindegebiet eine Tiefe von 50 Metern erreicht und im weiteren Verlauf bis zu 120 Meter tief ist. Die nördliche Gemeindegrenze verläuft entlang des Grats des steil abfallenden Güggehübucks . Südlich des Bachs steigt das Gelände zur Hochebene des Haslihaus an .
Neben der Hauptsiedlung Böbikon gibt es noch zwei kleine Weiler mit je etwa einem Dutzend Einwohner. Güggehü liegt knapp einen halben Kilometer nördlich am Südhang des Güggehübucks, Rütihof einen Kilometer südwestlich am Rand der Hochebene.
Die Fläche des Gemeindegebiets beträgt 260 Hektaren, davon sind 99 Hektaren bewaldet und 20 Hektaren überbaut. Der höchste Punkt liegt auf 580 Metern auf der Haslihau-Hochebene, die tiefste Stelle befindet sich auf 400 Metern in der Schlucht des Chrüzlibachs.
Nachbargemeinden sind Rekingen im Nordwesten, Mellikon im Norden, Wislikofen im Osten, Lengnau im Süden und Baldingen im Westen.
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