Geschichte
Gräberfunde beim Weiler Litzi weisen auf eine Besiedlung während der Hallstattzeit hin. An der Grenze zu Oberlunkhofen lag einst eine römische Villa. Weitere Gräberfunde belegen die Besiedlung durch die Alemannen im 7. Jahrhundert. Das Dorf war Teil des «Kelnhofs» Lunkhofen, das im Jahr 694 dem Kloster St. Leodegar in Luzern geschenkt worden war und neben Jonen auch Arni-Islisberg, Oberlunkhofen und Unterlunkhofen umfasste. Die erste urkundliche Erwähnung von Jonun erfolgte im Jahr 1243 in einer habsburgischen Urkunde. 1291 erwarb Rudolf I. von Habsburg das Kloster St. Leodegar und dessen Besitztümer. Dieser Besitzerwechsel war einer der Ursachen, dass die drei Urkantone die Eidgenossenschaft gründeten. Nachdem der Kelnhof verwaltungstechnisch zuerst zum Freiamt Affoltern gehört hatte, bildete er zwanzig Jahre später ein eigenes Amt, das so genannten Kelleramt.
1415 eroberte die Stadt Zürich das Kelleramt und übernahm die landesherrlichen Rechte von den Habsburgern, darunter die hohe Gerichtsbarkeit. Die niedere Gerichtsbarkeit hingegen überliessen die Zürcher der Stadt Bremgarten. 1529 wurde die Reformation eingeführt; nach dem Zweiten Kappelerkrieg von 1531 musste die Bevölkerung jedoch zum katholischen Glauben zurückkehren. 1797 bewies die Stadt Bremgarten weise Voraussicht, als sie ein Jahr vor dem Zusammenbruch der alten Herrschaftsverhältnisse ihre Rechte an die Dorfgemeinschaften verkaufte.
Nach der Eroberung der Schweiz durch die Franzosen und der Ausrufung der Helvetischen Republik im März 1798 wurde das Kelleramt aufgelöst und es entstanden die vier Gemeinden Ober- und Unterlunkhofen, Jonen und Arni-Islisberg. Diese gehörten zunächst zum kurzlebigen Kanton Baden und gelangten 1803 zum Kanton Aargau; die Bewohner hatten zunächst allerdings einen Anschluss an Zug oder Zürich bevorzugt.
Am 1. September 1811 wütete ein verheerender Dorfbrand, der zwei Drittel aller Häuser zerstörte und 266 Einwohner obdachlos machte. Bis zur Gründung einer eigenen Pfarrei im Jahr 1866 gehörte Jonen zur Kirchgemeinde Lunkhofen. Während der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts war die Einwohnerzahl leicht rückläufig. Begünstigt durch die Nähe zu den Städten Zürich und Zug setzte ab Mitte der 1970er Jahre eine starke Bautätigkeit ein, die die Einwohnerzahl um mehr als das Doppelte ansteigen liess.
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