Geschichte
Mulinon wurde erstmals 1273 urkundlich erwähnt. Das Dorf gehörte zum Eigenamt, dem ältesten Besitz der Grafen von Habsburg, deren Stammsitz nur wenige Kilometer entfernt ist. Die Herren von Mülligen, ein Ministerialengeschlecht, besass eine kleine Burg, deren Überreste im 19. Jahrhundert durch einen Steinbruchbetrieb restlos beseitigt wurden. 1308 gingen die Grund- und Gerichtsherrschaft an das im selben Jahr gegründete Kloster Königsfelden in Windisch über.
1415 wurde das Eigenamt ein Untertanengebiet der Stadt Bern und lag damit im so genannten Berner Aargau. Nach Einführung der Reformation im Jahr 1528 wurde das Kloster Königsfelden säkularisiert; Bern wandelte das Eigenamt in die Landvogtei Königsfelden um und übte nun sämtliche Rechte aus. 1688 starb ein Drittel der Bevölkerung an der Pest.
Im März 1798 marschierten die Franzosen in die Schweiz ein, entmachteten die «Gnädigen Herren» von Bern und riefen die Helvetische Republik aus. Mülligen gehört seither zum Kanton Aargau. Seit 1803 gehört auch die Nachbargemeinde Birmenstorf dazu, nachdem der Kanton Baden aufgelöst und die Franzosen wieder abgezogen waren. 1885 fielen dreizehn Häuser einem Brand zum Opfer.
Bis etwa 1960 stagnierte die Bevölkerungszahl, die Landwirtschaft wurde nach 1900 immer mehr durch Kleingewerbe und Dienstleistungsbetriebe verdrängt. Durch die Eröffnung der Autobahn A3 wurde Mülligen für Pendler leichter erreichbar und die Zahl der Einwohner hat sich in den letzten vierzig Jahren mehr als verdoppelt.
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