Geographie
Das Dorf liegt zwischen dem westlichen Ufer der Aare und dem Osthang des Geissbergs. Der Geissberg ist eine typische Erhebung des Tafeljuras mit einer ausgedehnten, nach Osten hin leicht geneigten Hochebene und steilen Hängen an drei Seiten. Im Westen und Süden verläuft die Gemeindegrenze von Villigen genau an der Geländekante entlang, während die Abhänge auf dem Gebiet der Nachbargemeinden liegen. Im Norden geht der Geissberg in den Rotberg über.
Im Osten ragen vier kurze, steile, beinahe halbkreisförmige Ausläufer in die Flussebene hinein. Von Nord nach Süd sind dies der Tüeliboden , der Gugelen , der Besserstein mit der gleichnamigen Burgruine und der Buck . Der alte Dorfkern liegt zwischen dem Gugelen und dem Besserstein. An den Südhängen dieser vier Hügel liegen Rebberge mit einer Anbaufläche von insgesamt 17 Hektaren.
Am westlichen Ufer der Aare, rund 1,5 Kilometer nördlich der Mündung der Limmat, befindet sich im so genannten Wasserschloss der Schweiz das Dorf Stilli. Das einstige Gemeindegebiet beschränkte sich auf einen drei Kilometer langen und 25 bis 210 Meter breiten Uferstreifen entlang der Aare, wobei das Flussbett mehr als einen Drittel der Fläche einnahm. Die nicht mehr existierende Grenze zu Villigen wurde durch eine 40 Meter hohe Böschung gebildet. In der Aare liegt die kleine Insel Fischergrieni, die durch angeschwemmtes Geschiebe entstanden ist. Im Süden liegt der kleine Ortsteil Joseboden.
Die Fläche der Gemeinde beträgt 1121 Hektaren, davon sind 580 Hektaren bewaldet und 119 Hektaren überbaut. Die höchste Stelle liegt auf 700 Metern an der nordwestlichen Ecke des Geissbergs, die tiefste Stelle auf 325 Metern an der Aare.
Nachbargemeinden sind Mandach und Böttstein im Norden, Würenlingen im Osten, Untersiggenthal im Südosten, Brugg und Rüfenach im Süden, Remigen im Südwesten sowie Hottwil im Nordwesten.
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