Geschichte
Ob sich einst auf dem schmalen Kirchhügel ein von Helvetiern bewohnter Oppidum befand, ist nicht gesichert. Südwestlich davon entstand um 15 v. Chr. auf der Ebene in Richtung Hausen eine kleine römische Militärstation, die dreissig Jahre später zum Legionslager Vindonissa ausgebaut wurde. Das Lager, dessen bestens wiederhergestellte Ruinen heute besichtigt werden können, war von 14 n. Chr. bis 101 n. Chr. das Hauptquartier von drei verschiedenen Legionen; der Legio XIII Gemina, der Legio XXI Rapax und der Legio XI Claudia. Nach einer längeren zivilen Phase entstand im späten 3. Jahrhundert ein Kastell, das die Römer im Jahr 401 endgültig aufgaben. Für das 6. Jahrhundert sind ein Bischofsitz und eine Münzprägestätte belegt.
Die dörflichen Siedlungen, die inmitten der Lagerruinen entstanden, gehörten schon vor dem Jahr 1000 zum Eigenamt, dem ältesten Besitz der Habsburger, deren Stammsitz ca. zwei Kilometer südwestlich von Windisch liegt. Am 1. Mai 1308 wurde König Albrecht unweit des Reussübergangs von seinem Neffen Herzog Johann von Schwaben ermordet. Zum Gedenken an diese Familientragödie stiftete die königliche Witwe Elisabeth von Görz-Tirol ein Kloster, das sie Königsfelden nannte. Das Kloster, in dem Klarissen und Franziskaner lebten, erlebte unter Elisabeths Tochter Agnes von Ungarn, der Witwe des ungarischen Königs Andreas III., seine Blütezeit. 1397 schenkten die Habsburger dem Kloster das Eigenamt mit sämtlichen dazu gehörenden Herrschaftsrechten.
1415 wurde das Eigenamt ein Untertanengebiet der Stadt Bern und lag damit im so genannten Berner Aargau. Nach Einführung der Reformation im Jahr 1528 wurde das Kloster Königsfelden säkularisiert; Bern wandelte das Eigenamt in die Landvogtei Königsfelden um und übte nun sämtliche Rechte aus, ein Hofmeister übernahm die Verwaltung der ehemaligen Klostergüter. 60 Prozent der Bevölkerung fielen 1667 einer Pestepidemie zum Opfer. I Im März 1798 marschierten die Franzosen in die Schweiz ein, entmachteten die «Gnädigen Herren» von Bern und riefen die Helvetische Republik aus. Windisch gehört zum Kanton Aargau seit dessen Gründung im Jahre 1803.
1799 entstand eine Brücke über die Reuss, welche die Fähre an der Landstrasse zwischen Zürich und Basel ersetzte. 1804 übernahm das neu geschaffene Staatswesen das ehemalige Kloster Königsfelden; seit 1868 dient dieser Gebäudekomplex als Psychiatrische Klinik. 1828 errichtete der «Spinnerkönig» Heinrich Kunz in Unterwindisch eine grosse Spinnerei, welche durch die Wasserkraft der Reuss angetrieben wurde; damit begann in Windisch das industrielle Zeitalter. Am 15. Mai 1858 wurde die Eisenbahnlinie von Baden her verlängert. Obwohl der Bahnhof auf Windischer Gebiet lag, wurde er nach der Nachbarstadt Brugg benannt. Mit fortschreitender Industrialisierung und Zuwanderung wurden die Flächen zwischen den einzelnen Ortsteilen mit Wohnsiedlungen überbaut.
Trotz des früh erfolgten Anschlusses ans Eisenbahnnetz ging es der Gemeinde finanziell schlecht. 1863 verkaufte sie deshalb ein 45 Hektaren grosses Gebiet an Brugg. Kein sorgfältig überlegter Schritt; heute stehen dort der Bahnhof, ein Einkaufszentrum und mehrere Industriebetriebe. Windisch konnte diesen Bedeutungsverlust durch den Bau der Höheren Technischen Lehranstalt (aus der später die Fachhochschule Nordwestschweiz hervorging) wieder wettwachen. 1986 wurde das 2000-jährige Bestehen von Vindonissa/ Windisch gefeiert. Zwischen 1980 und 2000 nahm die Einwohnerzahl um über 12 % ab, hat sich seither jedoch wieder stabilisiert.
Die Tatsache, dass Brugg und Windisch vollständig zusammengewachsen sind und wegen des umfangreichen Projekts «Vision Mitte» (Erweiterung der Fachhochschule) ohnehin enger zusammenarbeiten müssen, führte zur Forderung nach einer Gemeindefusion. Beide Gemeindeparlamente stimmten im Mai 2006 deutlich einer Volksinitiative zu, welche die Aufnahme von Fusionsverhandlungen verlangte. Doch gegen diesen Entscheid kam in Brugg ein Referendum zustande. Die Volksabstimmung fand am 24. September 2006 statt, die Initiative wurde mit einer Mehrheit von 63 % deutlich abgelehnt.
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